このような場合は、通勤定期代を4か月で割って毎月の額を計算し、それぞれ各月の賃金額に足していきます。
例)4か月分の通勤定期代62,250円を1月、5月、9月に支給する場合
1月支給(1月分〜4月分):62,250円
5月支給(5月分〜8月分):62,250円
9月支給(9月分〜12月分):62,250円
※62,250円÷4か月=15,562.5円

12月末日での退職の場合、7月分から12月分の賃金額の記載が必要ですので、
7月・・・15,562円
8月・・・15,564円
9月・・・15,562円
10月・・15,562円
11月・・15,562円
12月・・15,564円
を各月の賃金額に足していきます。
各月の額に端数が生じる場合は通勤定期代を支給する期間の最後の月に足すことになります。